Ο στόχος των Κατοικιών Κοινωνικής Ένταξης είναι η αποϊδρυματοποίηση και η ομαλή ενσωμάτωση και  αποδοχή των ατόμων με νοητική αναπηρία στην ευρύτερη κοινωνία. Στις Κατοικίες Κοινωνικής Ένταξης συγκατοικούν από 3 έως 5 άτομα, τα οποία κάτω από συνεχή  επίβλεψη εκπαιδεύονται στην αντιμετώπιση των καθημερινών τους αναγκών.

Μέσα από συνθήκες  αυτόνομης και αξιοπρεπούς διαβίωσης τα άτομα με νοητική αναπηρία  αναπτύσσουν δεξιότητες  αυτοεξυπηρέτησης, ενισχύεται η αυτοεκτίμηση τους,  μαθαίνουν τρόπους διεκδίκησης ίσων ευκαιριών  και παράλληλα απολαμβάνουν δραστηριότητες, ψυχαγωγία, συντροφικότητα και οικογενειακή ζωή.

Σήμερα το Ίδρυμα Άγιος Στέφανος λειτουργεί 3 Κατοικίες Κοινωνικής Ένταξης σε διάφορες  περιοχές της Λεμεσού στις οποίες φιλοξενούνται συνολικά 15 άτομα με νοητική αναπηρία. Τα  άτομα αυτά είναι πλήρως κοινωνικοποιημένα, εργάζονται, συμμετέχουν σε κοινωνικές και αθλητικές  δραστηριότητες αλλά και σε διάφορα επιμορφωτικά μαθήματα του προσωπικού τους ενδιαφέροντος.  Επίσης παρακολουθούν μαθήματα θεάτρου και μουσικής, με την εθελοντική εργασία γνωστών  μουσικών και ηθοποιών.

Τα Κέντρα Κοινωνικής Ένταξης του Ιδρύματος Άγιος Στέφανος αποτελούν έναν κόσμο ισοτιμίας για τα
άτομα με νοητική αναπηρία.